Mode d’emploi : Rejoignez les projets de calcul distribué qui bénéficient à l’humanité

Original: http://www.hyper.net/dc-howto.html


Que dois-je faire si certains du monde estimées 650 millions de PCs (et 250 millions de ménages avec Internet haut débit) pourraient être lié pour aider les scientifiques à résoudre les problèmes du monde réel critiques ? C’est exactement ce calcul en réseau humanitaire !
Faire un don d’inactivité CPU de votre ordinateur à des projets humanitaires de recherche scientifique à but non lucratif. Aider à trouver des remèdes pour des maladies comme le cancer, sida, diabète, MS, Alzheimer ou aide prédire le changement climatique de la terre, ou de faire progresser la science par exemple Rechercher des ondes gravitationnelles, aide CERN construire son dernier accélérateur de particules ou de la recherche de Berkeley d’intelligence extraterrestre. Si vous voulez contribuer, mais ne savez pas par commencer, ou comment faire mieux ? Ou peut-être vous êtes déjà contribuant à un des projets plus connus, comme [email protected] ou [email protected] et cherchez plus ?
[ClimatePrediction.net] il y a de nombreux projets de calcul distribué (D.C.) demandant des contributions de temps CPU. Il s’agit d’un effort pour classer les différents projets humanitaires D.C., surtout en ce qui concerne les exigences techniques (et dans certains cas, des liens vers des commentaires sur leur mérite scientifique).
J’ai passé beaucoup de temps à la recherche sur la façon de faire mieux. Mes priorités lors de la sélection des projets : valeur possible pour le genre de monde/homme, not-for-profit, les résultats sont mis à disposition dans le domaine public, utilisation efficace des ressources de mon ordinateur, sûr et faciles à entretenir. Je vais partager mes conclusions ici, pour que d’autres profitent également. De mon (utilisateur / CPU time du donneur) perspective, je diviserai les projets DC en deux grandes catégories : BOINC et non-BOINC. Je préfère toujours BOINC, lorsque c’est possible.
Remarque : Humanitaire grille informatique paysage évolue rapidement, comme des projets passionnants nouveaux arrivent, d’autres suspendre ou interrompre, etc.. Ainsi, beaucoup d’informations là-bas sur l’Internet peut être dépassée, même si écrit il y a 6 mois. Ce document contient les dernières infos sur DC calcul à partir de mai 2007 et tout présenté ici a été vérifié au meilleur de mes capacités.
1. BOINC
BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) serait ma méthode préférée pour les utilisateurs expérimentés qui ont l’intention de contribuer à de nombreux projets. C’est un logiciel gratuit, open-source qui fonctionne sous Windows (XP / 2K/2003/NT/98/ME), Linux / FreeBSD / Unix et Mac. Un « cadre de calcul distribué » créé par Berkeley Univ. Une fois que vous installer/installation BOINC, vous pouvez « subscribe » à autant de projets que vous souhaitez et tout automatisez. Les participants joignent à une ou plusieurs des projets BOINC par l’ouverture d’un compte (nom/mot de passe) au site d’un projet.
Infos BOINC : Accueil de BOINC, BOINC Télécharger, Debian/Ubuntu Linux BOINC, Wiki : installation et participant à BOINC, OcUK BOINC FAQ, des projets BOINC bêta sw
Résumé rapide sur BOINC : c’est un logiciel qui vous permet de participer à plusieurs projets et pour contrôler comment le temps de votre PC est réparti entre ces projets. Projets sont indépendants, et chacun conserve ses propres serveurs. N’importe qui peut créer un projet BOINC. Les développeurs BOINC (Université de Berkeley, Californie) n’ont aucun contrôle sur la création des projets BOINC et n’endossent pas nécessairement eux.
BOINC stats stats2 stats3 : 1.000.000 personnes et 2.000.000 ordinateurs dans 234 pays à partir de juin-2007
1. Sciences de la vie (surtout computationnelle biophysique) les projets BOINC
Projet de conception et de prédiction protéique [email protected] ([email protected] sur Wikipedia, sur la science, faq, pertinence médicale, journal quotidien des progrès) par le laboratoire de Baker à l’Université de Washington, USA. C’est développer et appliquer le logiciel de prédiction et de conception de protéines Rosetta (licence gratuite gratuitement pour une utilisation académique).
[email protected] projet de prédiction protéique par l’Ecole Polytechnique, France (client Windows XP uniquement)
TANPAKU protéine prediction project de l’Université des sciences de Tokyo, Japon
[email protected] (scientifique mise à jour 1er mars 06) projet de prédiction protéique par The Scripps Research Institute, USA.
World Community Grid (WCG, voir howto join WCG via BOINC) une initiative philanthropique de IBM. IBM paie les factures pour télécom et matériel, mais la décision sur laquelleà but non lucratif pour parrainer des projets, est prise par un Conseil consultatif international. WCG exécute 5 projets :
Human Proteome Folding (HPF, HPF sur Wikipedia, lu sur HPF) par l’Institut pour la biologie des systèmes (ISB), USA. Phase 1 appliqué logiciel v4.2x Rosetta sur le génome humain et fini Nov-05. HPF Phase 2 (HPF2) s’applique v5.x Rosetta en mode « pleine de raffinement de l’atome ». HPF-2 mise à jour 23 juin 06, mise à jour 13 mars 06, mise à jour 17 janvier 06 et HPF-1 rappel 22 novembre 05)
[email protected] par Olson Lab au Scripps Research Institute, s’applique le sw AutoDock pour tester comment les médicaments interagissent avec diverses formes de la protéase du VIH. La phase 1 sera projeté 2 000 composés contre 270 souches variantes du VIH. Les composés sont des représentants sélectionnés d’un certain nombre de groupes différents. Il s’est joint au Nov05 WCG et BOINC dans Jan06. Dernière mise à jour 19 janvier 06
Aide recherche sur le Cancer de la défaite sur microarrays de tissu (TMA) qui promettent d’aider les médecins dans le choix des stratégies de traitement approprié et de pronostic précis prévoyant de patients atteints de cancer. Démarré juillet-2006
Le projet de comparaison du génome de l’Institut Oswaldo Cruz, Fiocruz, Brésil. Vise à améliorer l’annotation fonctionnelle de protéines dans les bases de données.
Help Cure Muscular Dystrophy par Décrypthon, un partenariat entre l’AFM (Association de la dystrophie musculaire de Français), CNRS (Centre National Français de recherche scientifique)
SIMAP (le projet a actuellement pas de travail) similitudes de protéine de base de données un projet conjoint du Centre National de recherche de GSF pour l’environnement et la santé, Neuherberg et Université technique de Munich, centre de vie et Food Science Weihenstephan, Allemagne
italique = BOINC du projet est encore en phase de beta-test, ou en attente
[email protected] le projet vise à approfondir les connaissances des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, en faisant ainsi, recherchera aperçus de la découverte de nouveaux produits pharmaceutiques. ALPHA-test
Recherche de [email protected] sur protéine cinétique de pliage, à l’aide de dynamique moléculaire, de l’Université de Stanford, USA (logiciel [email protected] actuelle Note fonctionne autonome, mais [email protected] a un bêta-sw pour la plateforme BOINC join). En savoir plus, [email protected] sur Wikipedia, ce qui est [email protected] en fait travailler sur ? Il a fonctionné pendant plus de 5 ans et est actuellement le projet de profil DC plus élevé après le légendaire [email protected]. Google avait inclus dans le cadre de leur GoogleToolBar en 2003-2004, il a connu une publicité et a été installé sur plus de 1.5 millions de PCs, dont actuellement plus de 200.000 sont toujours activement calcul pour [email protected] offrant une puissance de plus de 200 téraflops.
MalariaControl.Net modélisation stochastique de l’épidémiologie clinique et histoire naturelle du paludisme à Plasmodium falciparum.
Recherche de protéine est est particulièrement important parce que la plupart des maladies sont manifestent au niveau de l’activité de la protéine. Il est également l’un des plus difficiles problèmes informatiques de notre ère (en termes de puissance brute). Du monde #1 (IBM Blue Gene/L, fini 4Q05, montré sur la photo) et superordinateurs #2 (IBM Blue Gene) ont été construits principalement pour la recherche de la protéine. Blue Gene/L a une vitesse soutenue de 100 téraflops, considérant que les bénévoles de partout dans le monde contribuent déjà plus de 200 téraflops (plus de deux fois la puissance de calcul du supercalculateur au monde #1 juste pour le projet [email protected] de Stanford) et un autre 200 + téraflops pour le projet [email protected] ! Grille de calcul est vraiment très puissant !
Objectifs et les différences des projets en sciences de la vie
Si vous avez visité les sites ci-dessus, la plupart parle de « repliement des protéines ». Même, concurrentes et complémentaires ? Comment ils participent avec des remèdes pour des maladies comme le cancer ou le sida ? sont les questions que tout le monde demande.

Résumé rapide :
La plupart des maladies sont manifestent au niveau de l’activité de la protéine. Un « goulot d’étranglement » dans la recherche médicale pour plusieurs maladies, est que la fonction/rôle de beaucoup de protéines (environ 60 %) dans le corps humain reste encore inconnu. En fait, le projet “Find-a-drogue” fermé en déc-05 après avoir fonctionné pendant 4 ans, parce qu’il a manqué de nouvelles protéines, des fonctionnalités connues, à vérifier par l’intermédiaire de “criblage virtuel” (voir FAD de fermer). Tout d’abord la forme 3D des protéines doit être identifié, d’où scientifiques veulent en savoir plus sur la fonction de ces protéines, comme la forme des protéines est intrinsèquement liée à leur fonctionnement dans notre corps.
Identification de forme 3D des protéines se faite actuellement « expérimentalement » dans un laboratoire (par cristallographie aux rayons x et RMN) à grands frais de temps et d’argent plus (btw certaines protéines plus gros sont difficiles à étudier « expérimentalement »). « Prévision de protéine » projets comme [email protected], TANPAKU, [email protected], [email protected] (actuellement inactive distribué pliage) tous mettent algorithmes pour déterminer les structures 3D des protéines “mathématiquement” (par simulation sur ordinateur, également connu sous le nom “prédiction de structure de protéine” ou “le repliement des protéines”), qui permettra d’accélérer le progrès immense. Les mêmes outils de logiciel pourraient aussi éventuellement servir à la conception de nouvelles protéines complexes, qui inactivent les germes pathogènes (par ex. virus comme commune « grippe » et le VIH/sida ou bactéries) ou de réparer l’ADN (par exemple thérapie génique” pour guérir le cancer) endommagé. Autres logiciels effectue des vérifications « docking » de médicaments potentiels (petites molécules) à une protéine cible (« criblage virtuel”).
Des projets comme Human Proteome Folding appliquent les algorithmes de « prédiction de protéine » développés par l’un des projets susmentionnés (HPF utilise Rosetta), pour produire des prévisions de la structure 3D des protéines sélectionnées (par exemple HPF2 étudie les biomarqueurs du cancer), pour les biologistes et les biomeds à regarder et à utiliser tout en « annoter » protéines (décider ce qu’ils font, qui ils sont impliqués dans les processus de cellules).
SIMAP calcule les similitudes entre les protéines, comme protéines de même formes exécutent habituellement la même fonction (dits orthologues).
Pour le traitement de la maladie, à la recherche de scientifiques médicaux à court terme de médicaments par l’intermédiaire de « criblage virtuel » / “docking” de « ligands » (petites solubles dans l’eau molécules chimiques qui potentiellement peuvent être utilisés comme drogue, c’est-à-dire qui interagiront avec la protéine derrière une maladie d’inhiber ou activer) sur les protéines connues, qui ont déjà été identifiés pour les maladies. Ces projets incluent [email protected], [email protected], CureCancer, ComputeAgainstCancer, Find-a-drogue (inactif) et D2OL à l’aide du logiciel « d’accueil » (p. ex., DOCK, LigandFit, AutoDock, pense, Rosetta etc.).
La prochaine étape de guérir la maladie (peut-être années) est de concevoir de nouvelles protéines (artificielles) pour effectuer des fonctions, par exemple, [email protected]’s travaux du cancer par la refonte d’une modification d’ADN protéine (thérapies géniques).
[email protected] utilise la dynamique moléculaire (lois de la physique) pour étudier le processus de repliement (la « cinétique ») des protéines et de comprendre pourrait (agrégation) maladies telles qu’Alzheimer. Également à développer des méthodes de « docking » protéines-médicaments nouveaux, plus précis.
Sciences de la vie des projets expliqués en détail :
[email protected], [email protected], TANPAKU, [email protected] tentent de prédire la structure 3D des protéines encore inconnus de leurs acides aminés, toutes séquences, donc scientifiques biomed peuvent déduire le rôle de chaque protéine / fonctionnalité dans cellule traite (plus de détails plus tard dans la section « La pertinence des projets de prédiction de protéine aux cures »). La différence réside dans l’approche pour résoudre le problème, par exemple Rosetta utilise des fonctions d’énergie pour trouver l’état le plus bas ou plus stable et utilisations prédicteur des simulations Monte Carlo à l’aide d’une connaissance basée basée sur un modèle de réseau simplifiée de champ de force.
[email protected] est un projet avancé de chimie computationnelle qui étudie comment les protéines se plient. Ce qui est [email protected] réellement au travail sur ? Il s’intéresse à la chimie des protéines (“natives”) complètement pliés, partiellement pliés et dépliés, qui se rapportent à un autre. Il n’essaie pas de prédire la structure de la protéine 3D final de la séquence d’acide aminé, mais tente de simuler le processus de pliage à pico-/ calendrier microseconde, vers le bas au niveau molécule protéique, en utilisant la dynamique moléculaire (les lois de la physique) pour montrer les scientifiques à ce qui se passe réellement pendant le pliage. Ainsi, [email protected] est informatique “voies” (“trajectoires”), de repliement des protéines comme un film d’animation (par exemple “Toy Story”): image après image, une durée de microsecondes à quelques millisecondes, essayant d’en savoir assez sur les parties critiques pour aider à créer un meilleur modèle du processus de repliement des protéines, mais aussi de comprendre pourrait (agrégation associée) maladies comme l’Alzheimer. Cette approche nécessite d’énormes quantités de puissance pour simuler des protéines même petites, pliage rapide de l’informatique, donc actuellement il n’est pas utilisable pour la prédiction de structure 3D des protéines.
SIMAP : En raison de l’énorme quantité de séquences protéiques connus dans les bases de données publiques, il est apparu que la plupart d’entre eux n’est pas expérimentalement caractérisée dans un proche avenir. Néanmoins, des protéines qui ont évolué d’un ancêtre commun, souvent partagent les mêmes fonctions (dits orthologues). Il est donc possible d’en déduire la fonction d’une protéine non caractérisée d’un orthologues avec fonction connue.
HPF (Human Proteome Folding) s’applique à un logiciel de prédiction de structure 3D (Rosetta en particulier). Notez que la Phase 1 de HPF vient de terminer et Jan-06 projet est entré en Phase 2 (HPF2) [plus]. Voici un extrait de la discussion “Y a-t-il aucun résultat dans le traitement ou nous résoudre juste des protéines de plus en plus?”) :
[jouet de construction] « Le projet Human Proteome Folding est la recherche médicale fondamentale. On nous donne quelques éléments fondamentaux des cellules (protéines de fonction inconnue) et nous essayons de les déduire de leur forme, puis de cela déduire quelles autres protéines elles interagissent, et comment. C’est comme verser les composants d’un « Erector set » (éditeur : jouet de construction) sur le plancher du salon et essayer de comprendre ce qui se passe avec ce qui. L’objectif est de comprendre les réseaux fonctionnels qui animent les processus cellulaires fondamentaux. Une fois que vous avez identifié la fonction d’une protéine, que vous pouvez :
Sélectionnez-le comme cible pour un médicament d’interférer avec sa fonction
Comprendre comment il fonctionne et de concevoir un médicament pour dupliquer l’effet
Développement d’un test diagnostique pour détecter la concentration de cette protéine afin de mesurer le niveau d’activité
Sans les informations de protéines, ces trois choses sont des objectifs très importants qui ne peuvent se réaliser que par dépistage de masse d’un grand nombre de composés chimiques, dans l’espoir d’une percée de chanceuse. Même avec cette information, il faut beaucoup de travail, de compétence et de chance pour développer un médicament.
Le projet de HPF peut fournir des informations très utiles pour le développement de médicaments, mais elle vise à la compréhension de base qui peut alors servir à développer des médicaments. Nous fournissons les informations de forme. Scientifiques qui étudient les bases de données avec cette information structurelle prédira la fonction des protéines (annoter les protéines). »
Pertinence des projets de prédiction de protéine ([email protected], [email protected], [email protected], TANPAKU etc.) pour trouver des remèdes pour les cancer, sida, diabète, sclérose en plaques et autres maladies [source source2]
[ruban de sensibilisation du cancer] La raison qu’il pourrait être difficile de trouver un projet que fonctionne directement sur la guérison du cancer est que le cancer est telle une immense, compliquée qui a tant de choses sont impliqués dans la maladie. On pourrait étudier comment un gène du facteur de croissance peut exécuter hors de contrôle, ou la génétique derrière réjecteurs de tumeur ou de la signalisation impliquée dans la voie de la mort cellulaire programmée ou les facteurs environnementaux qui mènent à la mutation, ou une douzaine autres choses qui contribuent au cancer, mais c’est tous ces combinés d’une manière unique qui peut mener à différents types de cancers.
Le cancer est en effet le résultat de mutations au niveau de l’ADN, souvent des mutations multiples (ce qu’on appelle le « hypothèse 2-hit »). Toutefois, afin que ces mutations réellement cancérigènes, ils doivent activer un programme d’expression de gène qui dépend de l’action de plusieurs protéines. Par conséquent, ciblant l’ADN pour réparation (thérapie génique) est une approche pour le traitement du cancer, mais une autre approche (et peut-être plus réalisable à court terme) consiste à cibler les protéines impliquées dans la croissance cellulaire incontrôlée.
Par conséquent, certains des plus prometteurs récents traitements pour les cancers proviennent de médicaments qui ciblent les protéines spécifiques impliqués dans le cancer (par exemple des médicaments qui ciblent l’activité tyrosine kinase des protéines du facteur de croissance). Le plus grand succès dans la découverte de ces médicaments vient des grandes bibliothèques de molécules dérivées de la chimie computationnelle de dépistage. Cette approche est très chronophage et coûteux et même pas garantis de fonctionner. Une autre approche à la découverte du médicament vient de « criblage virtuel » ou « conception rationnelle » issue des expérimentalement résolu des structures 3D des protéines. Cela nécessite tout d’abord une structure de protéine existante et un moyen d’évaluer l’efficacité d’un médicament interagit avec la structure. Développement de méthodes pour prédire la structure des protéines de manière rationnelle directement se rapporte à la découverte de cette façon, non seulement pour la conception de traitements pour le cancer, mais de nombreuses autres maladies.
Comme vous pouvez le voir, il est difficile de relier directement les projets pour prédire la structure de la protéine pour le cancer, mais ils sont efforcent de développer une technologie qui facilitera la découverte de médicaments pour aider à traiter ces maladies.
Plus d’infos sur « criblage virtuel » :
La recherche se concentre sur les protéines qui ont été déterminés à être une cible possible pour le traitement du cancer par exemple. Grâce à un processus appelé « criblage virtuel », analyse spéciale logiciel permettra d’identifier les molécules qui interagissent avec ces protéines et permettra de déterminer lequel des candidats moléculaires a une forte probabilité d’être devenue une drogue. Le processus est similaire pour trouver la bonne clé pour ouvrir une serrure spéciale en regardant des millions et des millions de « clefs » moléculaires. Si nous connaissons les structures des protéines responsables du diabète, par exemple, et si leur activité doit être augmenté ou diminué, nous pouvons chercher pour les petites molécules qui soit activer ou inhibent la protéine.
En savoir plus sur « design rationnel des médicaments » et « criblage virtuel »: Wikipedia : drug design, Wikipedia : amarrage moléculaire.
Projets de la protéine de base info (vous pouvez ignorer, si vous n’êtes pas intéressés par les rouages de la recherche)
Baker ([email protected] tête scientifique) explique :

[Rosetta sw capture d’écran, cliquez pour agrandir] « Avec l’achèvement du projet génome humain, nous sommes maintenant capables de prédire quels seront les séquences d’acides aminés de différentes protéines dans le corps humain. Cependant, alors que nous savons de l’ordre des acides aminés, protéines ne restent pas dans les deux formes de dimensions à l’intérieur du corps humain. Ils « plient » dans des trois formes dimensions différentes pour différentes protéines afin de desservir leurs fonctions à l’intérieur du corps humain. Une protéine avec une chaîne distinctive d’acides aminés ne pas simplement plier de façon aléatoire, mais généralement se replie dans une configuration spécifique. L’instigateur de ce phénomène est censé être l’effet hydrophobe. Cet effet est dû au fait que certains groupements d’acides aminés sont attirés ou repoussés par l’eau, c’est pourquoi ils tenteront à maximiser ou minimiser leur exposition à l’eau respectivement. Les fluides de corps vivants composés principalement de consistant de l’eau, ces chaînes d’acides aminés incorporez-y sur eux-mêmes avec les chaînes révoltées par l’eau qui tend à être rattachée au centre de la protéine afin de minimiser le montant de leur surface exposée à des liquides de l’organisme. Ces chaînes d’acides aminés qui sont attirés par l’eau ont tendance à faire partie de la surface de la protéine afin d’augmenter la proportion de l’exposer de chaîne aux fluides du corps. Étant donné que les forces qui agissent sur une protéine dépendent de ce qui est la séquence spécifique d’acides aminés d’une protéine, une protéine spécifique sera généralement « se coucher » de la même manière. En raison de la complexité des forces agissant sur les séquences d’acides aminés assez grands pour former une protéine, il est extrêmement difficile de prévoir comment les protéines se replient, mais cette connaissance est essentielle pour déterminer comment les fonctions de la protéine. Concevoir un moyen de rapidement et précisément prédire comment une protéine se plieront pourrait permettre aux chercheurs de concevoir des traitements pour des maladies comme l’Alzheimer et le sida.
À l’aide de dynamique moléculaire, il est possible d’essayer d’utiliser les lois fondamentales de la physique pour simuler le processus de pliage pour une protéine particulière. (Par exemple le projet [email protected].) Toutefois, une telle approche limitée dans son utilité puisqu’elle nécessite une énorme quantité de puissance de traitement pour simuler une simple protéine même de comportement pliant. Le projet de [email protected] adopte une approche différente en utilisant un algorithme logiciel nouvellement mis au point pour essayer de prédire la forme qu’une protéine serait plus susceptible d’incorporer. Un autre morceau de logiciel analyse les résultats projetés et détermine parmi les divers résultats de projection qui est plus susceptible d’être correcte. En utilisant un projet de calcul distribué, il est possible de créer rapidement une base de données de milliards de structures possibles pour une protéine et ainsi obtenir une précision photo ce que plié protéine ressemblerait-il.”
Bonne lecture des informations scientifiques pour les bénévoles « dossiers »: Wikipedia : prédiction de structure de protéine
Plus d’informations sur la protéine étudient les différences de projets (Rosetta, Predictor, WCG, [email protected], SIMAP): Background sur logiciel Rosetta et son utilisation dans le projet de HPF de l’ISB, BOINC-Wiki.
[email protected] et [email protected] différences de forum posts forum [email protected] et [email protected] forum. Explication de l’algorithme [email protected].
Article Gene Machine dans WIRED.com (2001) donne « renseignements » et parle de supercalculateur au monde plus grand, construit pour le repliement des protéines. Les chasseurs de protéine, câblé Apr-01. Protéine conception des processus biologiques projet de défense, par la DARPA. Articles d’aperçu de pliage de protéine sur le sujet du repliement des protéines et la maladie.
2. Projets de physique, climatique, etc. SETI BOINC
[email protected] données de recherche de l’onde Laser Interferometer gravitationnel Observatoire (LIGO) aux États-Unis et de l’Observatoire d’ondes gravitationnelles GEO 600 en Allemagne pour les signaux venant de la rotation rapide des étoiles à neutrons, connus comme les pulsars.
ClimatePrediction.Net aka RCDP. Résumé rapide : CPDN projet s’exécute une simulation de type Monte Carlo grand des paramètres du modèle de Circulation Global (MCG), afin d’améliorer les prévisions climatiques pour le XXIe siècle, et de quantifier les erreurs en cause. Bien qu’il y a actuellement un large consensus que les températures augmenteront, prédictions de l’ampleur de cette hausse de température varient énormément. Le changement climatique est perçu comme une menace principale pour notre civilisation. Il s’agit d’une collaboration entre un certain nombre d’universités et d’organisations au Royaume-Uni. Le projet est devenu opérationnel en septembre 2003. En février 2006, la BBC a rejoint. Lire la suite de changements climatiques de BBC BBC, projet RCDP sur BBC news. Ne pas adhérer à ce projet si votre PC ne fonctionne que quelques heures par semaine.

ClimatePrediction.Net vise à prévoir l’évolution du climat dans le monde au XXIe siècle. La façon habituelle de procéder est de démarrer avec les meilleures mesures météorologiques, les meilleures estimations des paramètres qui régissent l’évolution du climat, et d’exécuter la simulation sur un super-ordinateur.
Le problème avec cette technique, c’est qu’il ignore le problème principal : nous n’avons pas des mesures précises de tous les paramètres de la situation actuelle et, pire encore, nous n’avons qu’une estimation imprécise de certains paramètres de simulation crucial. Par exemple, le taux auquel le CO2 est absorbé par les océans ne connaît pas avec précision. C’est une des raisons pour laquelle nous avons actuellement des prévisions climatiques contradictoires à long terme. Si les paramètres sont mauvais, que la simulation n’a aucune valeur.
En fait, nous pouvons obtenir des informations sur un résultat de simulation même s’il commence à partir de paramètres qui ne sont pas vraiment précis. Mais nous avons besoin de beaucoup d’entre eux : des milliers, des dizaines de milliers, peut-être même plus. En analysant les résultats de toutes ces simulations on peut obtenir une meilleure compréhension de l’effet de chaque paramètre, déterminer ce qui est le résultat le plus probable et également déterminer qui sont les paramètres les plus importants.
Mais même pas un super-ordinateur est à la hauteur de la tâche. D’où l’idée de faire de chaque simulation sur un ordinateur distinct à l’aide de rechange cycles de CPU et de l’Internet pour recueillir les résultats. Voici comment cela fonctionne : l’équipe de ClimatePrediction distribue le logiciel de simulation, les données climatiques de référence et un ensemble de paramètres à tester. Le programme simule ensuite l’évolution du climat pendant des décennies-modèle et puis renvoie le résultat à l’équipe de ClimatePrediction.
Plus d’informations sur la stratégie scientifique RCDP.
Avantages : Projet utile, pratique avec des beaux graphiques des simulations GCM.
Inconvénients : Le client est grand et les données de projet peuvent être supérieure à 1 Go. Un bloc de données prend beaucoup de temps à calculer : un 2,4 GHz Pentium 4 prendra environ 3 semaines (en cours d’exécution 24/7).
[email protected], projet légendaire de l’Université de Berkeley, a commencé en 1999. Le plus grand projet dans l’histoire avec plus 5 millions d’utilisateurs. Le but du projet est de découvrir des signes d’intelligence extraterrestre (il est si précieux peu de celui-ci sur la terre). Deep space radiosignaux recueillies par l’antenne de radio d’Arecibo à Porto Rico est décomposés WUs et traités par les machines clientes. SETI travaille maintenant pour obtenir le tableau de radiotélescope “Paul Allen” (nommé d’après le co-fondateur de Microsoft, qui a fait un don important) en ligne.
Leiden Classical une grille d’ordinateur de bureau dédié à general Dynamics classique
[email protected] (en baisse depuis sept-2006) contribue à la construction du LHC (Large Hadron Collider). Il sera l’accélérateur de particules plus grand et le plus puissant jamais construit. [email protected] simule comment les particules voyagent travers le tunnel de 27 km de long. Avec l’aide des informations calculées, les aimants qui contrôlent le faisceau peuvent être calibrés avec plus de précision. [email protected] a été créé par et est basé, au CERN, qui se trouve à Genève, en Suisse.
Quantum Monte Carlo ([email protected]) développer la méthode Quantum Monte Carlo pour un usage général en chimie quantique. BÊTA-test
[email protected] recherche de molécules de nano-magnétique. À l’avenir ces molécules seront utilisés dans la chimiothérapie des tumeurs locales et développer minuscule de modules de mémoire. BÊTA-test
[email protected] pour simuler des systèmes à grande échelle nanotech BETA-test
Il y a beaucoup plus de projets BOINC, ceux énumérés ci-dessus sont juste les objectifs (p. ex. rupture des algorithmes de chiffrement peut être un défi intéressant, mais il n’est pas celui qui profite à l’humanité) humanitaires j’ai eu l’occasion de regarder de plus près sofar. Je ne sais pas il y a autres projets dignes de recevoir la durée d’inactivité de votre CPU. Vous pouvez trouver de plus dans la section de liens à la fin.
Certaines personnes deviennent si enthousiastes, qu’ils créent « fermes informatiques », construits à “croquer” (calcul) autant que possible. Et se livreraient concurrence pour obtenir des crédits plus (travaux) pour leurs projets préférés.
en savoir plus Unofficial BOINC Wiki, page BOINC sur Wikipedia, [email protected] page sur Wikipedia.
II. non-BOINC
Projets nécessitant le logiciel agent autonome
Avantages : Plus facile d’installation pour les utilisateurs non-techniques (aucune inscription par projet et configuration requise). Utile si vous souhaitez contribuer à un projet seulement, ou si votre projet favori n’est pas disponible par l’intermédiaire de BOINC. Si vous choisissez d’aller dans ce sens (non-BOINC), il devrait être soit bec vous n’êtes pas calée en informatique ou bec que vous souhaitez vraiment contribuer à un projet spécifique non-BOINC.
Inconvénients: À la différence entre les projets BOINC, agents autonomes sont souvent mutuellement : par exemple si vous exécutez FightAIDS et essayez d’installer le projet de lutte contre le cancer d’Oxford, le programme d’installation vous demandera à désinstaller WCG (voir commentaire). Si vous ne pouvez pas exécuter ces deux projets. Aussi, dans certains cas par le passé, entreprises utilisent une petite partie (1 %) du total temps CPU pour exécuter des projets d’intérêt commercial (efficacement devenant « courtiers » de temps processeur) et certaines des recettes versées aux utilisateurs ou le fit don aux organismes de bienfaisance pour eux.
La plupart de ces projets est soutenue par de grandes entreprises comme IBM ou Intel pour la commercialisation de soutien (c’est-à-dire la « visibilité » et la compagnie « relations publiques »). Je ne peux pas m’empêcher de remarquer que les projets commercialement soutenues ont tendance à mettre des mots clés comme « cancer » ou « Sida » dans le titre, qui vraiment obtenir l’attention des gens
Les projets qui se déplacent sur DC plateforme logiciel « propriétaire » (mais tous sauf grid.org/Oxford sont déjà ou seront bientôt sur BOINC ainsi) comprennent :
 
[email protected] par Stanford Univ étude de (la science derrière le projet) de repliement des protéines. Actuellement le plus haut profil DC projet sur Internet après [email protected]. Prise en charge par Intel, Google et autres de retour en 2002-2003, lui a permis d’obtenir la base d’utilisateurs très grande et florissante communauté d’utilisateurs (forums, équipes en compétition pour faire un don de plus de temps CPU etc.) Consignes de réglage. Intro en grec rédigé par moi-même. Le logiciel [email protected] actuel fonctionne autonome, mais [email protected] se prépare une version bêta de rejoindre BOINC. [email protected] sur Wikipedia.
[email protected] stats : 522,000 gens, 180,000 CPU active (hors 1.5million) à partir de Jul-06
World Community Grid (officiellement IBM IBM paie les factures pour le matériel serveur et réseau mais la décision sur les projets à soutenir, est prise par un Conseil consultatif), vous propose 2 plates-formes de DC: éther United Devices logiciel (uniquement pour les clients Windows) ou le logiciel BOINC (Linux et Windows). Je recommande de rejoindre WCG par BOINC. Agent de WCG Windows, basé sur la technologie de l’UD, pourrait être plus facile à installer (approprié pour les utilisateurs moins expérimentés) mais BOINC offre plus de flexibilité. WCG accueille actuellement 5 projets (expliqués plus en détail dans la section des Sciences de la vie-BOINC du présent document) :
Human Proteome Folding
FightAIDS
Help Defeat Cancer
Comparaison de génomes
Help Cure Muscular Dystrophy
Stats de la WCG : 200.000 personnes, 370,000 processeurs (actif) ?
[Protéine]
IBM est installé WCG agent (automatiquement, comme « logiciels recommandés » plus) de leurs sites d’entreprise. D’une manière, on peut penser des WCG comme cadre DC « commercialement » exécution / pris en charge pour plusieurs projets (actuellement 3 projets d’accueil). Quels sont les projets soutenus obtient a décidé par un Conseil consultatif. Il est géré et maintenu par IBM (lorsqu’on le rejoint, vous fait entrer dans un contrat légal avec IBM). IBM dit contrôle du projet sera finalement transféré à une entité à but non lucratif appropriée une fois que le projet obtient fermement sur ses pieds.
citation de WCG End User License Agreement
“WELCOME TO WORLD COMMUNITY GRID. IL S’AGIT DE L’ACCORD QUI S’APPLIQUE À VOTRE PARTICIPATION AU WORLD COMMUNITY GRID. C’EST ENTRE VOUS ET INTERNATIONAL BUSINESS MACHINES CORPORATION (NOUS DÉSIGNERONS À NOUS-MÊMES COMME « IBM » OU « NOUS »). IL EST PRÉVU QUE FINALEMENT IBM TRANSFÉRERA WORLD COMMUNITY GRID À UNE ENTITÉ DE NOT-FOR-PROFIT PROPRIÉTAIRE NON IBM. CE TRANSFERT CONSTITUERAIT UNE CONTRIBUTION D’IBM. SI ET QUAND CELA SE PRODUIT, CET ACCORD SERA ÉGALEMENT APPLICABLE À CETTE ENTITÉ”.
WCG est disponible comme un projet BOINC, et maintenant on peut aussi affiner des ressources CPU ou opt-out de ses sous-projets individuels (je ne crains pas, les HPF et FightAIDS sont tout aussi bon imo). Normalement, les utilisateurs UD/WCG et BOINC/WCG recevront des unités de travail de ces deux projets d’automatiquement.
Grid.org [Inactif] (officiellement United Devices, qui a établi le grid.org comme un « proof of concept » pour son logiciel de grille, de démontrer la viabilité et les avantages de l’informatique à grande échelle sur Internet grille). Son principal projet est d’Oxford sur le cancer. Le logiciel fonctionne sur Windows (98/ME / 2K/XP) uniquement (pas Linux ou Mac).
Grid.org stats : 1,3 personnes, 3,5 millions d’UC (mais je me demande combien d’entre eux est actifs?)
Soigner le Cancer [terminé] aka Screensaver-bouée de sauvetage. Courait depuis 2001 à avril 2007, par Oxford University Chemistry Dept (UK) avec NFCR (Fondation nationale pour la recherche sur le Cancer), soutenue par UnitedDevices et Intel. Ce projet utilise le logiciel LigandFit pour tester 3.5billion produits chimiques contre les protéines du cancer, de leucémie et de cancer du pancréas, deux des types plus mortelles de cancer. Donc, essentiellement, il s’agit d’un immense puzzle qui est résolu par la force brutale. À partir de Jan06 en Phase 2, il est raffinage préalables “hits”, laissant efficacement les chercheurs savent de quoi ne pas passer leur temps, argent et ressources sur. Page d’accueil du projet sur les mêmes infos Q&A de sujet (mais plus âgés) de NFCR NCFR-Oxford-UD Screensaver-bouée de sauvetage. Dernières nouvelles déc-2005 (suite) :
“À l’aide de bouée de sauvetage Screensaver / LigandFit technologie, nous avons identifié trois promettant conduit Mol597, Mol238 et Mol628 pour l’inhibition urokinase. Basée sur les études d’accueil ces molécules montrent hauts potentiel en tant qu’inhibiteurs de l’uPA. Ces molécules peuvent servir comme des molécules de plomb pour la conception de meilleurs inhibiteurs de l’uPA comme agents thérapeutiques potentiels de lutte contre le cancer. Nous sommes synthèse de ces molécules et les tester pour l’activité biologique. »
Commentaires par courrier électronique des Prof.Richards 30 novembre 05 (source)
Le projet de l’économiseur d’écran a produit un grand nombre de « hits » ; molécules possibles et prévus pour être des inhibiteurs potentiels des protéines mène pour la découverte de médicaments. Le goulot du flacon à l’exploitation de ces prévisions est la synthèse potentiellement coûteuse des composés et leurs tests biologiques.
Pour deux de la série, nous avons passé ce stade, et les résultats sont très encourageants.
Une des cibles plus intéressantes et stimulantes est la phosphatase.
Une grande partie de la biologie est un équilibre entre les kinases et de phosphatases. Ces derniers ont été des cibles commerciales importantes pour les médicaments anticancéreux depuis de nombreuses années, mais les phosphatases ont s’est avérée plus difficiles que d’une part le site de soumission dans laquelle le médicament doit être liée est plutôt mal défini. Le projet a produit quelque 128 000 visites pour cette cible. Nous avons analysé les résultats et produit une liste de 400 visites bons de différents types de produits chimiques. Ceux-ci ont été synthétisés et testés. Plus de 40 [~ 10 %] avéré pour être véritables inhibiteurs qui est très bon par les normes de l’industrie et ce qui est plus qu’ils sont des molécules non chargées, qui sont très différentes des inhibiteurs connus. Nous essayons de trouver des compagnies pharmaceutiques pour profiter de cette nouvelle.
Pour une deuxième série la cible est un activateur du plasminogène urokinase [impliqué dans le cancer de la prostate], nous avons à nouveau eu hits synthétisé et testé, cette fois par les collaborateurs du centre de Cancer de l’Arizona. Ceci a produit pas trop encourageant de nouveaux composés actifs. Ces résultats ont été présentés à l’American Association for Cancer Research et une affiche donnant des détails est mises sur le site web de chimie d’Oxford
Protéome humain repliement sur. Phase que je suis tombé sur les WCG et Grid.org, actuelle Phase II s’exécute uniquement sur les WCG (et par l’intermédiaire de BOINC/WCG, qui est comment je le lance).
Projet de recherche-drogue-A [Inactif] fut le premier massive DC santé sciences projet, à la recherche de médicaments pour les maladies comme le cancer, sida, sclérose en plaques, SRAS, paludisme, maladies respiratoires, de la vache folle et d’autres. Encore une fois, la méthode était un dépistage de drogue-comme des molécules contre les protéines de la maladie, en utilisant le logiciel THINK. Commencé à avr-02, fermé 16 décembre 05.
“Nous avons également ciblé la plupart des cibles pour les zones principales protéines reconnues. […] Notre expérience suggère qu’il sera difficile de trouver des collaborateurs qui seront intéressés par les résultats des protéines de ciblage biologique dont la fonction est inconnue ou de petit intérêt thérapeutique. »-Keith Davies, FAD
La première phase de l’internet basé anticancéreux projet de calcul “Bouée de sauvetage Screensaver” aka CureCancer, utilisé le logiciel de science THINK et a été accueillie par United Devices. En collaboration avec la National Foundation for Cancer Research (NFCR), Université d’Oxford et Intel Corporation. La deuxième phase du projet NFCR + Oxford + UD Cure-Cancer/économiseur d’écran-bouée de sauvetage a choisi d’utiliser le logiciel LIGANDFIT. À ce moment-là, Keith Davies, qui est un chercheur honoraire à l’Université et est le fondateur de Treweren Consultants qui a développé le logiciel THINK, établi Find-a-médicaments pour poursuivre ses recherches en utilisant le logiciel THINK.
computeagainstcancer.org (disparue? / nouvelles du site ne pas mis à jour depuis 2003). Lancé Jul-2000, parrainé par PARABON calcul, projets hôtes 3. Apparemment la société gagne de l’argent en vendant un pourcentage des ressources processeur agrégées aux intérêts commerciaux. « En choisissant de prendre part à calculer contre le Cancer plutôt que programme fournisseur standard de Parabon, vous choisissez simplement faire un don de l’argent que nous serait payer pour le temps d’inactivité de votre ordinateur à l’organisme de bienfaisance de votre choix. » (à partir de leur FAQ)
D2OL The Drug Design et optimisation Lab (D2OL) s’efforce de découvrir des médicaments candidats contre l’Anthrax, la variole, Ebola et du SRAS et autres maladies infectieuses potentiellement dévastatrices ou agents de bioterrorisme. Explication de la méthode « d’accueil » pour les agents pathogènes
Projet distribué de pliage actuellement inactif
Note : Les projets autonomes mentionnés ci-dessus sont juste le plus largement suivies (plus de 100,000 participants). Il existe beaucoup plus « autonomes » projets de calcul distribué. Vous pouvez trouver plus sur les sites distributedcomputing.info et www.volunteerathome.com, avec des profils de projet vaste et utile. Il explique également BOINC, WCG et UD. Si tout va bien, plus on disposera sous la plateforme BOINC dans le futur, qui assure la gestion pour optimiser les performances.

Observations :

[SETI] Je ne peux pas m’empêcher de remarquer que les projets de sciences de la vie en retard userbase de SETI de 5 millions. Au crédit de Berkeley, ils ont développé des BOINC (pourquoi [email protected] classique se termine), de sorte [email protected]’s énorme base d’utilisateurs peut désormais opter pour faire un don de temps processeur à d’autres projets facilement, lorsque SETI n’a pas beaucoup de travail (comme c’est le cas ces derniers temps), qui est fortement encouragée par les gens de Berkeley/SETI. Tout projet peut maintenant puiser dans ce vaste bassin de ressources informatiques.
Pourtant, les tendances indiquent probablement que la communauté de « faire don de l’utilisateur » se concentre sur plusieurs projets « techniques » c’est-à-dire SETI + RCDP + Einstein + LHC consomment environ 90 % du temps global de BOINC CPU. Je pense qu’une des raisons est que la plupart des projets de « sciences de la vie » est venu en ligne via BOINC récemment et aussi une inquiétude au sujet de l’exploitation potentielle des résultats de la recherche biomédicale par BigPharma. Projets en sciences de la vie devraient essayer de répondre à ces préoccupations. (lire la discussion houleuse au forum cancer UD-Intel et demande de rétroaction au forum HPF, plus de doutes et de réponses). Une rétroaction régulière est importante pour le « moral des troupes » (encore, beaucoup de puissance CPU ira à des projets avec les plus beaux graphiques et statistiques fantaisies). Personnellement, je veux la transparence et divulgation complète.
Questions à considérer lors du choix des projets :
Propriété intellectuelle, c’est à dire « propriété » des résultats. Ils vont devenir disponible à toute la communauté scientifique ? par exemple extrait de la FAQ de [email protected] :
Q. est [email protected] à but non lucratif ? / Quelqu’un va faire de l’argent hors de mon temps d’ordinateur donnés ?
A. The Univerity de Washinton met à disposition le code source (le réel Rosetta algorithme, qui notre puissance de donnés informatique contribue à améliorer) disponible aux universitaires et autres universités pour libre et finiront par faire le code source disponible au public, lorsque le possible tricherie problème sur BOINC est adressé. Dr David Baker “tout va être domaine public Non, je ne crois pas au brevetage naturellement ancestrale gènes, protéines, etc..”
Savoir à qui appartiennent les ensembles de données qui sortent de votre processeur et lire leurs engagements d’utilisation sur le plan juridique sans fioritures. Si ils ne le rendent facile à localiser ces termes alors trouver un autre projet.
Des résultats de recherche utiles : mesurer avec citations pas la meilleure mesure, mais certainement une mesure des résultats utiles. Y a-t-il une liste de documents qui ont cité le travail accompli par un projet ?
Ce qui est le goulot d’étranglement (maillon) avec la science se faite ? Si la puissance de traitement est rendue disponible, utiles résultats seront-ils publiés plus rapidement ? Ou est la partie « plus lente » de la recherche, les chercheurs eux-mêmes ? Idéalement, nous voudrions le facteur limitant pour les chercheurs, donc ils n’attendez pas pour les résultats de nos travaux. Fondamentalement, un traitement plus important accélérera la science ? Et quelle est la limite supérieure sur le traitement des nombres ci-dessus qui ne sera pas utile (c’est à dire, à quel niveau de puissance de traitement est les scientifiques être le facteur limitant?).
Occasion coûte, par exemple [email protected] on dirait que tout le « traitement » se fera dans l’année, et puis beaucoup de temps est dépensé en regardant les « hits ». C’est juste un exemple des chercheurs étant le goulot d’étranglement, pas les processeurs. (questions valables de messages du forum [email protected])
BOINC Wiki CPDN : Comment décider sur le partage de ressources vous propose plus de pensée sur la question.

Mes choix

Comment j’ai décidé qui de tous les projets BOINC pour contribuer au ? En raison de la plupart des projets de “sciences de la vie” qui ont adhéré à BOINC assez récemment (par exemple [email protected] est venu en ligne hors de bêta Nov05) ils sont sous-représentés en termes de temps CPU. En regardant ses stats fin 2005, environ 90 % du temps processeur ce don par l’intermédiaire de BOINC va à SETI + RCDP + Einstein + LHC. WRT SETI, j’estime que si l’on veut chercher une intelligence extra-terrestre, un doit être avant tout examen de la preuve de l’UFO, non essayant de capter des signaux radio, parce qu’une civilisation avancée pourrait être à l’aide de toutes sortes de la physique que nous ne savons pas tout encore, tels que l’intrication quantique (bien que la radio-astronomie est certainement une grande fenêtre sur l’univers).
En tout cas, [email protected] a beaucoup de puissance CPU déjà, assez pour processus que chaque WU 5 fois. Il n’est pas limité par la puissance CPU disponible. À ce stade [email protected] pourrait utiliser plus de fonds (dons en espèces), plutôt que plus de CPU.
WRT projets de sciences physiques, je pense que la gravité de compréhension permettra à l’humanité son prochain grand bond en avant et la compréhension de l’univers. Einstein et LHC sont donc importants.
Human Proteome Folding (WCG/HPF) qui s’applique le logiciel Rosetta sur le protéome humain semble également utile. Discussion de forums WCG (éclairage). Malheureusement, les WCG de redondance actuelle (IBM) (réplication initiale, quorum) paramètres sont tout simplement trop peu rentable.
Projet Rosetta qui étudie la prédiction de forme 3D de protéines, a toujours été parmi les plus performants ab initio les méthodes de prévision dans des expériences récentes de l’ACPS bi-annuellement et fait aussi des maladies associés de recherche. Améliorer les algorithmes a un effet multiplicateur pour l’avancement des autres programmes (p. ex. HPF).
[email protected] est la plus ancienne (depuis 2000) et le plus grand projet de sciences de la vie (recherche-protéine) (mais toujours non-BOINC). Mais, au cours des années, j’ai jamais vraiment compris comment la science faite à [email protected] conduirait à terme à traitement et de guérison. Avec [email protected], la connexion à l’identification de cibles thérapeutiques et à la conception de médicaments paraissait beaucoup plus évidente.
Donc, pour l’instant j’ai donner mon temps de CPU à
SIMAP 15 %
World Community Grid (« Human Proteome Folding » et « FightAIDS ») 15 %
CPDN est un autre beau projet mais assez lourd et serait l’amour pour l’ajouter, en cours d’exécution sur un PC son propre, plus tard point. De nombreux projets dans ma liste sont nouveaux et ont encore relativement peu de participants.
Liens :
Listes des projets DC (ceux non seulement humanitaires, comme dans le document actif)
distributedprojects.info liste des projets de DC. profils utiles et infos sur chacun
[email protected] projet à jour, Actualités, projets à venir et infos liens
AtHome et liste de projets GridCafe
Liste des projets de DC dans Wikipedia, l’encyclopédie libre
Autres listes de projets DC DMOZ et infoanarchy.org
Forums / Wikis / lieux de rencontre pour les gens engagés dans les projets de DC
XPC xtremepccentral est le foyer de certains des crunchers DC plus productives autour
Forums gratuits-DC
La Zone DC
Équipes DC ArsTechnica, ArsTechnica discussion SETI, RC5, [email protected], [email protected], UD projet de Cancer et d’autres
Forums de Picard de l’équipe
Équipe SciFi depuis 1998
Prof. James Challis plus Excellent UK Team est une équipe qui travaille sur un certain nombre de projets publics de traitement Internet distribué
FAD been Find-a-médicaments équipe ex-membres, mettant l’accent sur des projets médicaux
Forum overclockeurs DC OcUK UK
Groupe hollandais vaches de puissance DC hollandais
Équipe Hack-un-jour Wiki
Équipe [H] ardOCP DC pour l’humanité, centrée sur [email protected] et UD/grid.org
Équipe Phoenix Rising
Team Ninja
OcDistributed
BoincForum.info un lieu de rencontre pour les amateurs de DC
Équipe BOINC UK
www.rechenkraft.net de l’Allemagne plus grande distribué communauté informatique
Les chevaliers qui disent Ni ! Équipe KWSN DC
Espoir du projet si vous souhaitez contribuer, mais ne sont pas doués en informatique, rejoignez un groupe (association) on peut verser des fonds ($$$) donc bien informés/prêt des gens se déroulera sciences de la vie DC au nom de tout le monde dans le groupe
Espoir du projet si vous souhaitez contribuer, mais ne sont pas doués en informatique, rejoignez un groupe (association) on peut verser des fonds ($$$) donc bien informés/prêt des gens se déroulera sciences de la vie DC au nom de tout le monde dans le groupe
Pages liées à BOINC
Unofficial BOINC Wiki fournisseurs répond à vos questions de BOINC, par Paul Buck
FAQ BOINC OcUK excellente introduction par OverclockersUK. Couvre tous les fond info, plus de simplicité d’installation, le déploiement automatique/Remote/Non-installateur/Auto-installeur, pare-feu/proxy et bien plus encore
Choisir les projets BOINC répertorie les besoins en mémoire de chaque projet
Participants plusieurs projets BOINC Top-100 avec nice-camemberts
[Stats de serveurs BOINC]
National/régional : BOINC en Allemagne, l’Australie BOINC, BOINC Danemark, BOINC, Rep tchèque, équipe Boinc.be, crunchers belges
Classements de BOINC
Autres sources de BOINC client sw, de Crunch3r, de truXoft et de naparst optimisé clients SETI et BOINC
Livre sur BOINC PDF le calcul et le potentiel de stockage du calcul volontaire, de Berkeley (Anderson, Fedak)
compteur de stats BOINC mundayweb personnalisé
BOINCView application pour surveiller à distance des postes BOINC multiples (« sans tête »)
Package d’installation de Debian Linux BOINC et Wiki pour Debian et dérivés (Ubuntu, par exemple), cpulimit limiteur d’utilisation CPU pour Linux
Package d’installation de RedHat Linux BOINC tr/min, préconfiguré pour [email protected]
BOINC et la sécurité une amorce sur une installation sécurisée de BOINC sous Win et Linux
Automatisation du déploiement de l’Agent de BOINC sur un réseau local de PC Win
Base de données de bogues BoincZilla BOINC
Repères du projet BOINC pour sw de Google Earth pour voir sur terre les participants au projet sont trouvent
Échantillons de lettres proposition DC convaincre les chefs de l’école ou de biz à vous permettent d’exécuter DC sur leur PC (écrit pour [email protected], adapter convenablement)
DC Vault en comparant les scores de l’équipe DC tous les projets, SETI stat équipe travail BOINC
Dans la presse
Scientific American « Traitement pour la Science » mai 2005
CNN : Supercomputing rendu simple, connectez-vous à s’attaquer aux problèmes mondiaux présentant WCG d’IBM, utilisez votre PC pour lutter contre le cancer, à chasser les étrangers et plus (2001)
Article de Gene Machine « arrière-plan info » dans WIRED.com (2001) sur le plus grand supercalculateur de IBM, construit pour le repliement des protéines. Explique les problèmes auxquels font face les chercheurs. une bonne lecture pour tous les « dossiers »
Exploiter la puissance de votre PC à combattre le Cancer vieux (2001) l’article de PC World
Faire un don de temps libre de votre PC pour aider le monde à propos WCG d’IBM, (Nov-2004) article de PC World
VIH sur les WCG sur IBM WCG, (sept-2005)
Les joueurs pourraient aider à soigner le Cancer ? une proposition de laisser les consoles (Xbox et Playstation) faire le repliement des protéines (WIRED mag juin-2005)
Guérir le Cancer avec votre ordinateur ABC News, décembre 2005, parle de la WCG et ComputeAgainstCancer
Actualités du FightAIDS : Communiqué de presse d’IBM, BusinessWeek : PCs obtenir avec le programme de sida, [email protected] va BOINC
Sciences de la vie et le repliement des protéines
Human Proteome Folding info des forums WCG
Site du savant tête Bonneau Labs
Mise à jour de project HPF2 17 janvier 06, par Bonneau, chef scientifique et
Scientifique tête Bonneau Lab pour projet Human Proteome Folding (HPF1, HPF2 etc.)
Projet produit des résultats significatifs (Nov.-2005)
Objectifs du projet, a expliqué en termes simples
Dec-2005 mise à jour Richard Bonneau
Pliage de protéine, de maladies et de discussion sur le sujet du repliement des protéines et maladies
HPF est totalement inutile ? Q&A sur l’utilité de HPF. Débat sur pourquoi faire de prédiction de la forme 3D de protéines au lieu expérimental x-ray crystallography etc.
Logiciel Rosetta et [email protected]
Logiciel maison de Rosetta Baker Lab
Robetta protéine public structure prediction serveur à l’aide du logiciel Rosetta
Rosetta Cyberscience
HHMI protéine détectives (déc-05), sur Baker (Fev-01)
Communes de Rosetta
Rosetta FAQ
Ordinateurs faire de gros progrès dans la prédiction de Structure protéique
Résultats de [email protected] ? discussion dans les forums d’utilisateurs [email protected], soulevant des questions (applicables à tous les projets de DC, mais Pande Group [email protected] de Stanford est le plus haut profil un actuellement)
Mesurer l’impact sur les performances [email protected]
ClawHMMER Mike Houston sur les performances de l’ATI R520 GPU Stanford est développement de logiciels (comme nous le savons) pour décharger le FLOP des calculs à la carte vidéo. En résumé, le nouveau GPU ATI prend ~ 71 secondes pour compléter la quantité de travail qu’il faut un Pentium 4 2,8 CPU ~ 1589 secondes pour terminer.
IBM World Community Grid
WCG officieux
UD/WCG convertir en instructions de BOINC/WCG
WCG partenaires une liste impressionnante d’organisations (entreprises, universités, fondations sans but lucratif, etc.) de partout dans le monde, soutenir des WCG
Grid.org (United Devices)
CureCancer projet forum NFCR, Université d’Oxford, en Angleterre, UD UD membres recherche et d’un traitement pour la leucémie
Divers
Déchiffrer le Message de l’Assemblée David Brown, MD, Washington Post Staff Writer de vie
Projet international HapMap un partenariat de scientifiques et d’organismes subventionnaires du Canada, Chine, Japon, Nigeria, Royaume Uni et aux Etats-Unis pour développer une ressource publique qui aidera les chercheurs trouver des gènes associés aux maladies humaines et la réponse aux produits pharmaceutiques.
Ressources éducatives en ligne génétique
Génome recherche des ressources en ligne
Ressources éducatives en ligne génétique
Guérir le vieillissement 54 d’éminents scientifiques ont fait une lettre ouverte montrant confiance explicite que la maladie du vieillissement peut et sera guéri.
Aux prises avec climat changer Wired News a parlé avec les auteurs des trois livres nouvelles et exhaustive sur les changements climatiques
Papier de criblage virtuel à grande échelle sur conclusion mène pour la conception de médicaments de D2OL
Ligand-protéine Docking : Recherche sur le Cancer à l’Interface entre la biologie et chimie papier, abstract 2003
DARPA protéine conception processus DARPA investit dans le développement de nouveaux outils dans des domaines variés tels que la topologie, l’optimisation, le calcul d’ab initio potentiels, chimie de synthèse et l’informatique conduisant à la capacité de concevoir des protéines à l’ordre. À la fin de ce programme, les chercheurs prévoient d’être en mesure de concevoir une nouvelle protéine complexe, dans les 24 heures, ce qui inactive des organismes pathogènes.
Sites de super-ordinateur TOP500 apparemment certains projets mentionnés ici profiter de puissance de calcul plus élevée que le supercalculateur au monde plus récent ! Par exemple à partir de [email protected] Jan06 jouit plus de 200 TFlops des performances de calcul soutenue, vs superordinateurs de 2 meilleurs du monde, c’est-à-dire d’IBM Blue Gene avec un maximum de 90TFlops et BlueGene/L avec max 280TFlops (qui sont tous deux des dossiers de protéine)
IBM Blue Gene supercalculateur au monde #1, construit pour le repliement des protéines
J’espère que ce document sera utile pour vous,
Dimitris Hatzopoulos,
Courriel : dhatz-ms en hyper.net
Dernière modification : lundi, 22 octobre 2007 17:19:03 EEST
PS: je vais aussi préparer un simple jeu d’instructions sur l’installation BOINC sur Linux dans une « sandbox » (c’est-à-dire dans un compte sécurisé isolé). Pendant ce temps, Linuxiens peuvent également consulter package d’installation de Debian Linux et la sécurité BOINC

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