Uvod v BRugs, programsko opremo za klicanje OpenBUGS iz R

Original: http://www.biostat.umn.edu/~brad/software/BRugs/BRugs_install.html

 

Tu so koraki za namestitev BRugs (prvotno napisali Andrew Thomas, kasneje razširila in zdaj vzdržuje na CRAN extras” spletno mesto, ki ga Uwe Ligges in Brian Ripley), in teče več primerov večje težave:

Navodila za starejše različice R, ki ste jih prej nameščene od cran.r​​project.org: Simply začnejo R in prenesete paket BRugs jih vnesete: install.packages (“BRugs”)

Navodila za tiste, ki so šele začeli v R: Sledite tem navodilom, ki zahtevajo, da prenesete R Version 2,11 (* ne * zadnjo različico)

Morda boste želeli, da prenesete datoteke R Pomoč za BRugs, BRugs.pdf

Prenos datotek za primer 1: Hierarchical betabinomski model metaanalysis o razmerjih uspehu. Podatki so rezultati 9 študij o učinkovitosti (da ali ne) od medicinske naprave; študije pa med 6 in 46 bolnikov. Naš cilj je, da dobimo boljše ocene verjetnosti uspeha v vsaki študiji z zadolževanjem moč prek študij, pa tudi oceniti napovedno verjetnost uspeha za bolnika v novo, 10. študije, ki se še ni zgodila.

OPOZORILO: NE shraniti te datoteke z desnim klikom v Raziskovalcu; Namesto, odprite datoteko in ne “FileSave As”, * ali * (še bolje) odprite datoteko in jo kopirajte prilepite v txt datoteko, da se zagotovi ustrezno dekodiranje znak za povratek !!!
Koda BRugs sama, betabinHM_BRugs.txt ALI novejši, bolj kompaktna različica, betabinHMnew_BRugs.txt, ki uporablja samo bugsData“, “bugsInits” in “BRugsFit” ukaze, IN
WinBUGS code, da ti programi R klic, betabinHM_BUGS.txt
Podatki in inits datotekah HROŠČEV potrebnih dovolj preprosta v tem primeru, da so ustvarili s kodo BRugs.

Od znotraj R, kliknite “File” in potegnite navzdol do “Change dir“, da spremenite vaš delovni imenik, v kateri ste shranjeni zgornjih dveh datotek (boste videli, sem shranjene moje datoteke v K: \ book3). Prav tako boste morali urediti setwd” zapoved na vrhu datoteke BRugs, ali pa preprosto komentar to vrstico ven (dal #” na začetku vrstice).

Ko že govorimo o pripombah, da shranite kopije parcel, ki so ustvarjeni, boste morda želeli, da unv komentar postcript” in “dev.off” ukaze. Dejansko je prvič zaženete to morda želite preprosto izrežete in prilepite ukaze v R eno vrstico naenkrat, tako da lahko vidite, kaj vsak počne.

Prenos datotek za Primer 2: Računalništvo Natančen dopust-one-standardizirane ostanke in vrednote UVK za podatke o izgubi žetonov.
(V tej različici, sem shranil datoteke v K: \ knjige \ TS3 \ BRugs).

Koda BRugs sama, stacks_BRugs.txt
WinBUGS kodo, ki jo zahteva, model.txt
(X) podatki kovariata, dataX.txt; (Y) podatki za odgovor, so v BRugs datoteko zgoraj.
Prvih dveh slik vrednote, Inits1.txt in Inits2.txt

Od znotraj R, vir datoteke stacks_BRugs.txt. To bi moral poklicati OpenBUGS 21-krat (enkrat za vsako podatkovno točko), in na koncu pridobiti zemljišče od dveh diagnostike.

Ta primer temelji na delu, ki ga je dr Haijun Ma, in sledi preostali del analize (pp.33-38) mojih vmesnih diapozitivov Bayesov analiza podatkov kratek tečaj, ki posledično sledijo oddelku 2.5 (str. 79-86) in vadbo 22. (p. 104) od Carlin in Louis knjigi Bayesovih metode za analizo podatkov, ki jih Chapman in Hall / CRC Press / Taylor in Frančiška objavljena.

Prenos datotek za Primer 3: Ocenjevanje moči za hipotetično kliničnem preskušanju, ki temelji na modelu preživetja Weibullovega.
(V tej različici, sem shranil datoteke v C: \ BRugs \ PowerCalcs)

Koda BRugs, Power_BRugs.txt
Trije različni WinBUGS modeli, ki jih poziva, refmodel.txt, optimistmodel.txt in skepticmodel.txt

Od znotraj R, vir datoteke Power.BRugs. Ta datoteka ustvari podatke (kar je vse ponaredek tukaj, ker je to problem oblikovanje) in začetne vrednosti, pa tudi.

Ta primer sledi kliničnem preskušanju načrtovanje dela (pp.39-44) mojih vmesnih kratkih diapozitivov seveda Bayesov analiza podatkov, ki se nato na podlagi Bayesovega class projekta papirja Joe Koopmeiners pisno.Classic” referenčna na tem področju, je:

Spiegelhalter, DJ, Freedman, LS in Parmar, MKB (1994). Bayesove pristopi k randomiziranih preskušanjih (z razpravo). J. Roy. Statist. Soc., Ser., 157, 357–416.

Prenos datotek za primer 4: Ocenjevanje moč za drog kliničnem preskušanju, ki temelji na binomske odziv (živa / mrtva) modela.

Ta material se nahajajo na posebnem spletnem mestu, ki ga Brian Hobbs, trenutni doktorski študent na oddelku za biomedicine na Univerzi v Minnesoti ustvarili.Delo temelji na oddelku 3 delovnega dokumenta, ki ga Hobbs in Carlin, predložene listu biofarmacevtskih statistiko.

Prenos datotek za primer 5: Ocenjevanje moč za naprave kliničnem preskušanju, ki temelji na modelu preživetja Cox.

Ta material se nahaja tudi na spletni strani Briana Hobbs in je opisana v oddelku 4 papirja Hobbs in Carlin.

Comments are closed.